Новой структуре планируется передать функции по государственной регистрации морских судов, прав на них и сделок с ними, а также вопросы защиты российского флота. Сейчас значительная часть административных полномочий распределена между капитанами морских портов.

Регистрационные процедуры предполагается организовать по принципу «одного окна», что, как рассчитывают в министерстве, позволит упростить и ускорить оформление документов.

Также Морская администрация займется дипломированием моряков. Процедуры планируется унифицировать и перевести в централизованный цифровой формат, чтобы облегчить получение рабочих дипломов.

Еще одной задачей станет создание системы мониторинга российских судов в Мировом океане. Она позволит отслеживать их местоположение и техническое состояние, укомплектованность экипажами, соблюдение трудовых норм, а также взаимодействие с иностранными морскими администрациями.

Морскую администрацию планируется сформировать на базе существующих администраций морских портов в форме федерального бюджетного учреждения, подведомственного Минтрансу.

Капитаны морских портов сохранят особый статус, однако их полномочия будут сосредоточены непосредственно на портовой деятельности — контроле судов, оформлении заходов и выходов, а также обеспечении безопасности плавания в портах и на подходах к ним.