Сопоставление счетов-фактур между участниками сделок. Если счет-фактура, зафиксированный в книге покупок у покупателя, отсутствует в книге продаж у поставщика, это сигнализирует о разрыве в цепочке документооборота.

Анализ цепочки поставок. АСК НДС-2 не ограничивается проверкой прямых контрагентов — она анализирует всю цепочку движения товаров или услуг. Это позволяет выявлять «транзитеров» (посредников, не добавляющих ценности) и фирмы-однодневки, которые часто используются для налоговых махинаций.

Автоматическая камеральная проверка деклараций. Как только декларация подана, система сразу приступает к ее проверке. Если обнаруживаются расхождения, АСК НДС-2 присваивает декларации один из трех уровней риска: высокий, средний или низкий.

Разногласия между налогоплательщиками и ФНС в сфере НДС связана с реализацией масштабной налоговой реформы. Изменения затронули:

• ставки НДС;

• лимиты для применения упрощенной системы налогообложения;

• механизмы автоматизированного контроля за соблюдением налогового законодательства.

Кроме того, частые поводы для споров с налоговыми органами:

• разрывы в цепочках контрагентов;

• подозрения в получении «необоснованной налоговой выгоды»;

• вопросы корректного применения льготных ставок (0% и 10%).

С 1 января 2026 г. ИП и ООО на УСН, чьи доходы за 2025 год превысили 20 млн рублей, обязаны платить НДС.

Дробление бизнеса. ФНС активно проверяет схемы искусственного дробления бизнеса для удержания выручки ниже 20 млн рублей (чтобы не платить НДС).

Выбор ставки (5% или 7%). Упрощенцы могут выбрать пониженные ставки (без права на вычеты) или общие ставки (22%, 10%, 0% — с вычетами). Спорные ситуации возникают, если налогоплательщик неверно выбрал ставку, а ФНС настаивает на применении стандартных 22%.

Исключение процентов по вкладам. Спорным вопросом является корректность исключения процентов по вкладам из базы 20 млн рублей. Проценты не учитываются для лимита, но должны быть правильно подтверждены.

С 2026 года основная ставка НДС выросла с 20% до 22%.

Переходные положения. Ключевой спор — применение ставки к договорам, заключенным до 2026 года, но исполняемым после. ФНС требует изменения ставки с 20% на 22% без изменения общей цены контракта.

Авансы. Спорные вопросы возникают при зачете авансов, полученных в 2025 году (20%), при отгрузке в 2026 году (22%).

Ошибки в отчетности (книги покупок/продаж). Из-за введения новых ставок (5%, 7%, 22%) высок риск ошибок в заполнении книги продаж, что ведет к автотребованиям от ФНС.

Наиболее распространенный случай — возможность заявить вычет в течение трех лет после оприходования товаров, работ, услуг или имущественных прав. Это регламентировано п. 1.1 ст. 172 НК и применяется к следующим ситуациям: приобретение оборудования; закупка товаров в розницу; покупка товаров, использованных для формирования нематериальных активов; капитальное строительство и связанные с ним закупки; ввоз товаров на территорию РФ (при наличии подтвержденной таможенной декларации).

Как считать срок: отсчет начинается с даты оприходования (принятия к бухгалтерскому учету) товаров, работ или услуг. Последний допустимый квартал для заявления вычета — тот, в котором истекает трехлетний срок с момента постановки на учет.

Пример: если оборудование принято к учету 15 марта 2025 года, крайний срок для вычета — последний день третьего квартала 2028 года (30 сентября 2028 года).

Важные нюансы:

• трехлетний срок не продлевается даже на период подачи декларации (Конституционный суд, определение от 24.03.2015 № 540-О);

• вычет за пределами трехлетнего срока возможен только при уважительных причинах (например, невыполнение налоговым органом своих обязанностей — определение КС от 27.10.2015 № 2428-О);

• если счет-фактура получен после окончания квартала оприходования, но до сдачи декларации, вычет можно заявить в любом квартале в пределах трех лет;

• при сдаче декларации до получения счета-фактуры вычет оформляется в квартале получения документа, но не позднее трех лет с даты оприходования.

В отдельных случаях право на вычет ограничено одним годом. Это касается возврата аванса продавцом покупателю (срок исчисляется с даты фактического возврата средств) и возврата товаров или отказа от услуг (отсчет начинается с момента отказа покупателя или возврата товаров).

Особенности:

• правило трехлетнего срока здесь не действует (п. 4 ст. 172 НК);

• вычет возможен только в пределах 12 месяцев с даты возврата/отказа;

• требуется документальное подтверждение изменения условий договора или его расторжения.

Некоторые виды вычетов необходимо заявить строго в квартале, когда выполнены условия для вычета. Перенос на другие периоды запрещен. К таким случаям относятся:

• НДС, уплаченный налоговым агентом (аренда госимущества, закупки у иностранцев и др. — п. 2, 3, 5.3, 6, 6.1, 6.2 и 8 ст. 161 НК);

• НДС с полученных авансов (п. 8 ст. 171 НК) — вычет оформляется в квартале отгрузки товаров/выполнения работ в счет аванса;

• НДС с перечисленных авансов (п. 12 ст. 171, п. 9 ст. 172 НК) — вычет возможен в квартале перечисления аванса и получения авансового счета-фактуры;

• НДС с командировочных расходов (проезд, проживание, суточные) — вычет оформляется в квартале совершения расходов;

• НДС при вкладе имущества в уставный капитал — вычет заявляют в квартале принятия активов к учету.

Для экспортеров сырьевых товаров с нулевой ставкой НДС вычет заявляют в последний день квартала, в котором собраны документы для подтверждения нулевой ставки (в течение 180 дней с даты экспорта). Если документы не собраны в срок — вычет переносят на последний день квартала, в котором истекают 180 дней.

Для экспортеров несырьевых товаров действует общий трехлетний срок.

• Переносить можно только вычеты, предусмотренные п. 2 ст. 171 НК (входные НДС по товарам, работам, услугам, ОС, импорту).

• Нельзя переносить НДС с авансов, агентский НДС, командировочные расходы, представительские затраты и другие вычеты, не указанные в п. 2 ст. 171 НК.

• Срок отсчета — всегда с квартала оприходования, а не с даты счета-фактуры.

• Раздельный учет обязателен для организаций, ведущих облагаемые и необлагаемые операции (п. 4 ст. 170 НК).

• Хранение документов — минимум 5 лет, максимум 8 лет для подтверждения права на вычет.

Соблюдение этих правил поможет избежать споров с налоговыми органами и максимально эффективно использовать право на вычет НДС.

В современной бизнес-практике нередко возникает ситуация, когда компания одновременно осуществляет операции, подлежащие обложению НДС, и операции, которые не облагаются этим налогом. В таких случаях законодательство требует вести раздельный учет НДС — это обязательное условие для корректного формирования налоговой отчетности.

Раздельный учет четко прослеживается в декларации по НДС: информация распределяется по двум блокам:

• раздел 3 — «Облагаемые операции» (здесь отражаются сделки, с которых начисляется НДС);

• раздел 7 — «Необлагаемые операции» (фиксируются транзакции, освобожденные от НДС или не являющиеся его объектом).

Выдача денежных займов. Операции по предоставлению займов не облагаются НДС (согласно подп. 1 п. 2 ст. 146 и подп. 1 п. 3 ст. 39 НК). Если компания параллельно ведет налогооблагаемую деятельность и выдает займы, раздельный учет становится обязательным. При расчете доли входного НДС, которую можно принять к вычету, в качестве базы для пропорции используют размер процентной ставки по выданным займам.

Реализация товаров, работ или услуг с длительным производственным циклом. Если компания начисляет НДС не в момент совершения сделки, а только при отгрузке готовой продукции (выполнении работ, оказании услуг), требуется раздельный учет. Это позволяет точно распределить налоговые обязательства по этапам производственного процесса.

Сочетание облагаемой и необлагаемой деятельности. Если организация ведет деятельность, подлежащую обложению НДС, и одновременно осуществляет операции, освобожденные от НДС по статье 149 НК, или совершает сделки, которые не являются объектом обложения НДС (согласно статье 146 НК), раздельный учет становится обязательным. Это помогает избежать ошибок при определении суммы налога к уплате и корректно распределить налоговые вычеты.

Экспортные операции. Раздельный учет НДС при экспорте обязателен только для экспортеров сырьевых товаров. Это подтверждено письмом Минфина от 17.03.2020 № 03-07-08/20119 и письмом ФНС от 31.10.2017 № СД-4-3/22102. При этом раздельный учет не требуется, если компания экспортирует несырьевые товары и одновременно ведет налогооблагаемую деятельность на территории России.

Раздельный учет НДС — это инструмент, который помогает компаниям соблюсти налоговые требования при совмещении разных типов операций. Правильный подход к учету позволяет избежать штрафов и споров с налоговыми органами, а также оптимизировать налоговые выплаты.