Транспортные компании могут работать не напрямую, а через посредников: брать груз как экспедитор и передавать его реальному перевозчику-субподрядчику. Здесь легко перепутать налоговую базу и переплатить в разы больше.

Пример: экспедитор берёт заказ на перевозку за 100 000 рублей, а исполнителю-субподрядчику платит 90 000 рублей, оставляя себе 10 000 рублей вознаграждения. НДС нужно платить только с суммы вознаграждения, потому что оставшиеся 90 000 рублей — это транзитный платёж исполнителю, а не доход экспедитора. Если не разделять эти суммы в учёте, компания годами платит налог с оборота, который ей не принадлежит.

Важный момент: эта модель работает только тогда, когда экспедитор действует от своего имени, но за счёт клиента, то есть просто организует перевозку через субподрядчика. Если экспедитор оказывает услугу как самостоятельный исполнитель, а не посредник, он платит НДС со всей стоимости своих услуг, а не только с вознаграждения — здесь модель налогообложения уже другая.

Отдельно нужно рассмотреть риск работы с «техническими» субподрядчиками: компаниями без машин, водителей и реальной деятельности, которые существуют только на бумаге и создаются для формального «рисования» вычета по НДС. Если ФНС докажет, что перевозку по факту выполнил не тот контрагент, что указан в документах, вычет НДС снимут полностью, налог доначислят, а штраф составит 40% от неуплаченной суммы. При крупном размере недоплаты возможна уголовная ответственность руководителя по ст. 199 УК РФ или ст. 173.3 УК РФ.

При перевозке груза из России за границу или наоборот можно применить ставку НДС 0% — то есть фактически не платить налог с этой услуги. Но льгота не действует автоматически: нужно собрать пакет документов, подтверждающих, что перевозка действительно международная, — с указанием пункта отправления или назначения за пределами РФ, транспортными и товаросопроводительными документами.

Классическая ошибка возникает при многоэтапной логистике. Груз идёт из Китая в Москву, но по пути его везут несколько перевозчиков — один от границы до Смоленска, второй от Смоленска до Москвы. Тот, кто везёт груз только между двумя городами внутри РФ, формально работает на территории России и не указан в документах как участник международной перевозки, поэтому применять ставку 0% к своей части маршрута он не может, даже если груз в целом едет из-за границы. Правило единое для ОСНО и УСН — система налогообложения тут роли не играет.

Важно не путать освобождение от НДС и нулевую ставку — это разные налоговые режимы с разными последствиями для вычета входящего НДС. Подтверждающий пакет документов для 0% нужно собирать заранее, а не постфактум при камеральной проверке.

С 1 сентября 2026 года транспортную накладную нужно оформлять только в электронном виде — бумажный вариант для коммерческих перевозок больше не действует. Правило касается всех участников: грузоотправителя, перевозчика, экспедитора и получателя груза.

До 1 марта 2027 года на дороге действует переходный период: если у водителя нет ЭТрН, но оформлены верные бумажные документы, инспектор ГИБДД ограничится предупреждением, а не штрафом. Многие компании восприняли это как отсрочку самого перехода и решили не торопиться с подключением к системе.

Но это освобождение касается только штрафов на дороге, а не налоговых последствий: если у компании нет электронной накладной, налоговая при проверке может усомниться в реальности перевозки и снять расходы или вычет НДС по сделке, а это обходится куда дороже, чем предупреждение инспектора. В электронный формат переходят также заказ-заявка на перевозку и документы экспедитора — поручение, экспедиторская и складская расписки. Для работы с ЭТрН нужен договор с оператором из реестра Минтранса и электронная подпись.

Путевой лист — единственный первичный документ, на основании которого расходы на топливо принимаются и в бухгалтерском, и в налоговом учёте; чеки АЗС, накладные и авансовые отчёты сами по себе основанием для списания не являются.

Обязательный пакет документов для списания ГСМ в 2026 году:

• путевой лист с полным набором реквизитов (дата, маршрут, показания одометра, данные о медосмотре и техосмотре, время выезда);

• акт списания ГСМ;

• приказ об утверждённых нормах расхода;

• подтверждающие чеки или отчёты по топливным картам.

Частая ошибка — оформление путевого листа формально: без отметки о медосмотре, с неточным временем выезда или показаниями одометра, либо задним числом, когда данные подгоняются под фактически потраченное топливо. При проверке налоговая сверяет путевые листы с установленными нормами расхода и реальным пробегом транспорта; если данные не совпадают или реквизиты заполнены неполно, снимается не только сумма превышения норм, а расход на ГСМ целиком.

Электронный путевой лист должен быть только у перевозчиков маркируемого слабоалкогольного алкоголя — пива, сидра, медовухи и аналогичной продукции. Для всех остальных перевозчиков грузов и пассажиров он остаётся документом свободной формы — бумажным или электронным по желанию компании.

Большинство транспортных компаний обновляют автопарк через лизинг, а не покупают машины напрямую. И здесь почти всегда путаются два учёта — бухгалтерский и налоговый, потому что в них амортизация считается по разным правилам.

В налоговом учёте всё просто: если договор лизинга заключён после 1 января 2022 года, амортизацию для целей налога на прибыль начисляет лизингодатель — он остаётся собственником имущества. Компания-лизингополучатель в налоговом учёте не амортизирует автомобиль вообще, а просто включает в расходы ежемесячный лизинговый платёж. Нюанс: если в договоре отдельно выделена выкупная стоимость машины, эту часть платежа в расходы включать нельзя до тех пор, пока автомобиль не выкуплен, — иначе компания преждевременно списывает то, что по сути является предоплатой за будущую покупку основного средства.

А вот в бухгалтерском учёте всё наоборот: лизингополучатель обязан поставить машину на баланс и начислять по ней амортизацию — только не по всей стоимости автомобиля, а по так называемому «праву пользования» этим активом. Из-за этой разницы бухгалтерская и налоговая амортизация почти никогда не совпадают в сумме — и когда компания пытается их искусственно «подогнать» друг под друга, вместо того чтобы вести раздельно, возникают искажения. В результате в налоговом учёте либо задваивается расход, либо, наоборот, теряется часть суммы лизинговых платежей, которую компания имела право законно списать.