Con el dominio romano y griego y, posteriormente, con la llegada y el triunfo del cristianismo en el siglo IV d.C., la escritura egipcia quedó asociada a una religión pagana y, por tanto, la fueron prohibiendo paulatinamente.

Las últimas inscripciones de este tipo que se conservan datan de finales del siglo IV, periodo en el que solo algunos pocos sacerdotes conocían esta escritura. Con la muerte de estos últimos expertos, los textos jeroglíficos pasaron a ser enigmáticas y desconocidas figuras.

Sin embargo, el ser humano es curioso por naturaleza y fueron muchos los que intentaron desencriptar el código egipcio. Una de las primeras obras en las que ha quedado constancia de este intento es Hieroglyphica, escrita por el misterioso Horapolo durante la segunda mitad del siglo V, cien años después de la muerte de los últimos sacerdotes egipcios.

La obra de Horapolo incluía algunos aciertos y otros tantos errores. Se compone esencialmente de 70 jeroglíficos y existe también un segundo libro que contiene la explicación de 119 pictogramas más. Con el tiempo se descubrió que muchas de las traducciones de Horapolo son inventadas y no se corresponden con la realidad . Pero, como suele suceder, incluso un reloj roto da la hora bien dos veces al día y hay algunas transcripciones que sí son acertadas. Entre otras interpretaciones, acertó el símbolo de la liebre que significa «apertura», ya que liebre se pronunciaba wn, igual que el verbo «abrir». También acertó el símbolo de la oca que significaba «hijo».

Uno de los errores más garrafales de Horapolo fue asociar la representación de la víbora con la mujer, sin embargo, el símbolo de este reptil tenía el valor fonético f que significaba «mi» y también «padre».

Fue a comienzos del Renacimiento cuando el texto de Horapolo cayó en el olvido, hasta que un comerciante italiano lo descubrió en 1419 y lo llevó a Florencia. Desde el siglo XVI el escrito fue difundido por toda Europa y obtuvo bastante éxito gracias al interés surgido durante este periodo por las culturas antiguas.

El alemán Athanasius Kircher publicó numerosos libros sobre Egipto y murió convencido de que había conseguido descifrar su escritura. Muy a su pesar, su método erró tanto como el de sus antecesores.

A partir del siglo XVIII los jeroglíficos tuvieron un desciframiento más acertado, pero habría que esperar hasta el descubrimiento de la piedra Rosetta en 1799 por el capitán francés Pierre-François Bouchard durante la campaña francesa para dar con un método de transliteración correcto. Esta pieza contenía un edicto del rey Ptolomeo V de 196 a.C. en jeroglífico demótico y en griego. Gracias a este texto Jean-François Champollion consiguió dar con la clave para transcribir la escritura egipcia y todos los secretos que contenía.

Champollion definió a los jeroglíficos como «un sistema complejo, una escritura a la vez enteramente figurada, simbólica y fonética, en un mismo texto, en una misma frase, incluso en una misma palabra».